Sporna i „radioaktivna“ utrka u Motegiju ne samo da je na kraju održana, nego je i bila jedna od najluđih ove sezone. Zanimljivo je postalo već i prije nego se upalilo zeleno svjetlo na semaforu, budući je Dovizioso prerano startao i za sobom povukao i Simoncellija, a tankih je živaca bio i Crutchlow. Zatim su se već u drugom zavoju dodirnuli Rossi i Lorenzo, nakon čega je Rossi pao i pritom u pijesak izgurao nedužnog Spiesa, koji je ipak uspio nastaviti utrku. Taman kada se činilo da su stvari krenule ove godine uobičajenim tijekom u kojem Stoner vodi od početka do kraja, došao je 5. krug u kojem se pri kraju duge ravnice Australčeva Honda toliko snažno protresla da su se pomakle kočione pločice.

Kada je sekundu kasnije Stoner pritisnuo prednju kočnicu, prvo nije imao pritisak u sustavu, a onda su pločice naglo zagrizle u karbonske diskove zbog čega se motocikl podigao na prednji kotač. Situacija koju nije mogao spasiti ni Stoner, pa je tako nakratko produžio u pijesak vrativši se na stazu kao 7. Vodstvo nakratko preuzima Dovizioso, no on zajedno sa Simoncellijem mora odraditi kazneni prolazak kroz boksove, tako da se, ni kriv ni dužan, na vodećoj poziciji našao Pedrosa.

Ubrzo nakon toga i Hayden je kratko vozio off-road, dok je Barbera pao, a dramaturgiju nastavlja Bautista padom u trenutku dok je bio na putu do najboljeg rezultata u MotoGP karijeri i držao 4. poziciju, ali i Elias koji je izletio sa 6. mjesta, nakon što je vozio svoju daleko najbolju utrku ove sezone. Pao je i Damian Cudlin koji je bio neočekivana zamjena za ozlijeđenog Capirossija, a osim talijanskog veterana, utrku nije vozio ni češki junior Abraham, koji se okušao na prvim treninzima samo kako bi spoznao da mu potres mozga zarađen u Aragonu stvara prevelike probleme.

Pedrosa je zato vrijeme jurio ka pobjedi, pobjegavši iz vidokruga Lorenzu, koji je sigurnom vožnjom došao do bodova za drugo mjesto, no to mu nije pomoglo da ozbiljnije smanji zaostatak za Stonerom budući se Australac probio na 3. mjesto. Najzanimljiviji je bio dvoboj „kažnjenika“ za 4. mjesto, koje je gotovo do samog kraja držao Dovizioso, ali je i sasvim mala greška bila dovoljna da ga Simoncelli obiđe u posljednjem krugu.

Spies je u posljednjim trenucima prošao pored Haydena i završio kao 6., Edwards je ciljem prošao kao 8., neprimjetni Aoyama je pred domaćom publikom bio 9., dok je poredak prve desetorice zaokružio de Puniet. Crutchlow je prerani start i izlijetanje sa staze platio osvajanjem tek 11. mjesta, što znači da su iza njega u poretku ostali samo Akiyoshi i Ito, testni vozači koji su već glumili zamjene i koje je Honda na svojoj stazi počastila još jednom MotoGP utrkom.