Oba modela pokreće isti četverotaktni i tekućinom hlađeni agregat radne zapremine 998 ccm. Petventilska tehnologija s tri usisna i dva ispušna ventila po cilindru poznata je s prijašnjih Yamahinih motocikala, baš kao i EXUP ventil koji se ugrađuje u ispušni sustav. No na sportskom Apexu SE ovaj je agregat dodatno optimiziran kako bi pružio što više užitaka u sportskoj vožnji.

Razlike među modelima možemo pronaći i u amortizerima koji se u njih ugrađuju. Apex SE koristi specijalizirane Fox Float 2 amortizere na prednjem i Mega Float na stražnjem kraju, dok se Apex-X-TX oslanja na dvostruke amortizere promjera 40 mm, montirane i na prednjem i na stražnjem kraju vozila. No možda najveća novost koju Yamaha uvodi na ovim modelima je električni servo motor na upravljačkom mehanizmu, što će uvelike olakšati upravljanje na zahtjevnim snježnim terenima.