Zahvaljujući neobičnostima na japanskom, za Yamahu domaćem tržištu, bili su prisiljeni na neke promjene kako bi se novi modeli R1 tamo mogli prodavati. Zapravo glavna promjena u ovoj priči je povećani ispušni sustav koji je tu vjerojatno kako bi se zadovoljile strože norme o razini buke koje su na snazi u "toliko jako uljudnom" Japanu.

Za razliku od modela za sva druga tržišta, Yamahe R1 i R1M za Japan opremljene su Akrapovič ispuhom, ali to nije sve. Yamaha na svojim stranicama uopće ne navodi R1 kao model na domaćem tržištu, već prodaju vodi veliki diler, tvrtka Presto Corp. Čini se da oni R1 modele prvo izvoze, zatim opremaju novim, većim ispuhom, a zatim uvoze u Japan.

Iako ispuh nije kompaktan kao na R1 modelima u Europi ili SAD, možda bismo se dali nagovoriti na njega imajući u vidu krasnu crnu izvedbu, a utjehu možemo potražiti u fotografiji Ducati Panigalea za Japan koji je opremljen istinski nakaznim "old school" ispuhom kako bi se uklopio u tamošnje zakone.